Villalaco se encuentra en el fondo del amplio valle del Pisuerga, en llano, pues aquí el río no está encajado. El núcleo se sitúa en la margen derecha del río delimitado al oeste por la carretera que va de Torquemada a Astudillo, por la que se accede también al sur a las dehesas de Matanzas. Ninguna otra carretera accede al núcleo. Sin embargo el caserío no ocupa la vega, sino la última terraza sobre un umbral terciario. Entre la carretera y el Pisuerga hay una amplia zona de regadío vinculada al canal de Villalaco, en la vega del valle, y una pequeña parte de las orillas está ocupado por arbolado de ribera (frondosas).